柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。
柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
在古老的传说中，长有洁白羽翼的公主被禁锢在房间之中，希冀这外面的世界。某日，一位神秘的少年出现在了公主的面前，成为了公主唯一的朋友。透过少年之口，公主得以知道大千世界里发生的种种。然而，当公主和少年相爱之时，曾经的诅咒应验了。
神尾观铃（川上伦子 配音）自小体弱多病，孱弱的身体令她无法去学校上课，只能整日待在家中。然而，观铃却并没有因此而变得郁郁寡欢，因为她相信，自己总有一天会遇见传说中的那个少年。国崎往人（小野大辅 配音）是一位旅行中的人偶师，他一直在寻找母亲所告诉他的“在空中的少女”。当往人遇见观铃之时，他发现，也许观铃正是他想要寻找的那个人。
这是一个女王统治一个宇宙的世界……
这里是宇宙的中心，是女王居住的“圣地”
据说在女王的身边有着9位被称为了“守护圣”的神一般的男性侍奉女王。
本故事中登场的是两个宇宙……
在女王和“守护圣”守护下的——成熟，富饶而和平的“神鸟之宇宙”。
还有刚刚才诞生的“圣兽的宇宙”，在那里还没有守护圣，单单只靠王女守护着。
然而现在，危机正在步步逼近“圣兽之宇宙”……
17岁的少女安琪莉可，突然被选中成为拯救宇宙的“传说中的大英雄”。
对平时总会一个人发呆，认为自己什么也做不好的安琪莉可来说，
即将出现在她面前的圣地和“守护圣”等等都太过于耀眼了。
在这么巨大的使命面前，安琪莉可犹豫不决……
在9位“守护圣”的支持下，安琪莉可寻找新自我的旅程开始了……
