江户时代，天下太平，只有人性之恶在蠢蠢欲动。岩本虎眼（加藤精三 配音）是被称为“绝世剑士”的优秀剑客，他的道场也成为了天下习剑之人梦寐以求的圣地。在道场中，有两个人的名字不得不提，一个是自幼被虎眼捡来抚养成人的藤木源之助（浪川大辅 配音），同时，他也是最有希望成为道场继 承人的人选。另一个，则是半路杀出的伊良子清玄（佐佐木望 配音），虽然他的资历尚浅，但其优越的武术才能使他成为了源之助的强劲对手，虎眼的女儿岩本三重（桑岛法子）亦对他有着深深的爱慕。
这时，一个邪恶的命令被传达了，本来应使用木剑进行的御前比试，被改为了使用真剑。只要能在御前比试中夺得头筹，即可享有无上的荣耀。本来就暗中较劲的藤木源之助和伊良子清玄，他们之间血与肉的厮杀即将展开。
鲤之助已经离去很久了，自由也渐渐忘却了以前刺激的经历，但短暂的和平气氛随着一个矮小身躯的神秘人出现在自由家而宣告结束。
此人正是鲤之助的孩子鲇之助，拿着心型眼带，为了未来的战斗再次追随着父亲的足迹。
而曾经的对手，现在是自由朋友的御影也因担心自由的安危来到她的身边保护她。
自由的学校中，新转来一个日俄混血的女孩：菲利莎。谁也没想到这个可爱活泼的女孩竟然是柳生十兵卫的亲女儿。
她为了夺回第二代十兵卫的头衔与心型眼带，接近自由。表面上与自由亲热无比，暗底下却包藏祸心。
正当自由身边危机迸发之际，柳生同门的另一宿敌：柳生喜多烈斋的后人又来捣乱。
自由将如何决定自己的未来呢？
某日，正在上高中的巳真兔季子（KEY）突然接到了和自己相依为命的爷爷的死讯，但她却哭不出来，因为她是个“机器人”，一个由爷爷亲手创造的完美的“机器人”，也正是由于这一点她从小就一直受到周围同龄人的讥笑和嘲讽。爷爷死前给KEY留下了口信，“去吧，孩子，你不用再作为一个机器人活着，去成为一个真正的人......但有个条件，你必需要有朋友，真正的朋友，能全心全意为你哭、为你笑的人，人数大约需要三万人。”
抱着这样一个几乎不可能实现的愿望，KEY只身来到东京。在这里她遇到了以前国中的朋友厨川樱，以及偶像歌星美浦的歌迷会会长三和土州一，大家一起为实现KEY的愿望，将她发展成偶像歌手而努力着。同时爷爷的助手若木知叶也悄悄来到了东京，似乎预示着KEY身边会发生不寻常的事。另一方面，偶像歌星美浦及其所属的米诺斯公司也并非看上去的那么简单，到底它的后台老板蛙杖有什么不...
国中毕业之后，热爱棒球的少年泽村荣纯（逢坂良太 配音）准备放弃理想，和朋友们一起在家乡的高中完成学业，然而，此时，泽村却收到了青岛高校棒球社副社长高岛礼（内山夕实 配音）的邀请，邀请他加入棒球队。要知道，青岛高校可是棒球远动员们心目中的圣地，无数前途无量的棒球选手们出自这所学校，泽村接受了这千载难逢的机遇。
在球队里，泽村结识了一群志同道合的朋友们，心直口快大大咧咧的御幸一也（樱井孝宏 配音）、外表冷漠内心单纯的降谷晓（岛崎信长 配音）、身材矮小却实力强悍的小凑春市（花江夏树 配音）、看似腹黑却十分温柔的仓持洋一（浅沼晋太郎 配音），一行人为了完成称霸甲子园的梦想而不断挥洒着汗水，挑战着自我。
故事发生在中华料理屋鬼丸饭店，作为老板娘鬼丸真纪子（定冈小百合 配音）的女儿，鬼丸美辉（生天目仁美 配音）并不热衷于打理家族的事业。可是，在青梅竹马神无月惠美（小清水亚美 配音）的激将下，美辉决定，一定要成为商店街上的第一看板娘，一场轰轰烈烈的头牌争夺战即将展开。
美辉固执和诡异的行为方式给饭店的日常经营带来了不少的麻烦，但奇怪的是，她风风火火的作风却得到了商店街不少顾客的青睐和喜爱。每日，除了要完成店铺的日常外，美辉还要接受来自于西山堪九郎（桧山修之 配音）等劲敌的不断挑战，在经营和修炼的过程中，美辉也从一个懵懂的女孩逐渐成长为了能够肩负起大人的无敌看板娘。
谷山麻衣（名冢佳织 配音）是个有预知和感应能力的高一女生，机遇巧合之下认识了长相英俊、颇为自恋的涉谷一也（泰勇气 配音），原来他是个专业的狩灵师，还是专门调查灵异事件事务所的所长，他身边有个叫林兴徐的助手。麻衣所在的学校出现了谣传，说旧校舍被灵所诅咒。涉谷一也受到校长委托，来到学校调查。同时被叫来的，还有巫女松崎绫子、和尚滝川法生、驱魔者约翰·布朗和灵媒师原真砂子。一行人在展开调查之时，发生了种种事故，这究竟是何种力量在作祟？
事件解决后，涉谷一也邀请麻衣加入他的涉谷心灵研究所（即SPR）打工。SPR接受各种委托，对各类灵异事件展开调查。麻衣和涉谷他们不仅仅用自身超能力解决问题，而且还会用现代科学解释。
大石刚介（三船敏郎 饰）升任关东同盟理事长，与中岛组佐仓一诚（佐分利信 饰）势均力敌，维持着表面的和平。但日本政界要员大山喜久夫（片冈千惠藏 饰）因癌症病倒，几乎再次点燃两派战火。大山幸得一宫恭夫（高桥悦史 饰）医治死里逃生，因此号召帮派联合，遭到两派抵制。
此时塞班岛开发项目成为抗争的导火索。中岛组干部川西（菅原文太 饰）为筹措资金，强令木村建设破产，并将木村之女献给保守党要员刈田（西村晃 饰）。另一方面，大石拉拢刈田的儿子春男入伙，作为特使赴塞班岛向美国官员行贿。大山暗示佐仓除去大石，一场搅和了黑帮、政客、外国人的纷争就此展开，而佐仓似乎也朝日本首领的目标又迈进了坚实的一步……
