早自远古时期，人类便被智商远在他们之上的神秘超能力集团“Blessed”所操纵。他们深藏黑暗之处，不着痕迹地左右着人类乃至地球的历史，在世界各处制造祸端与危机。当然人类中不乏有识之士，早已意识到Blessed的存在和危险。这一日，女记者露西·达芬波特来到美国德克萨斯州， 拜访了住在那里的再造人岛村乔（河本启佑 配音）及其伙伴们。在Blessed蓄谋制造更大危机的当下，再造人们注定要结束他们的隐居生活……
本片根据石森章太郎的漫画原作改编。
石ノ森章太郎の代表作『サイボーグ009』を神山健治総監督、柿本広大監督でフル３ＤＣＧアニメーション化。国連軍ガーディアンズ設立以来、静かな隠遁生活を送っていた009こと島村ジョーをはじめとするゼロゼロナンバーサイボーグたちが、正体不明の異能者集団“ブレスド”の陰謀に立ち向かうべく新たな戦いへと身を投じていくさまを全３章で描く。本作はその第２章。また全３部作として劇場公開された後、全12話のシリーズ作品として編集されたバージョンのネット配信もされた。
