来自异次元的种族MU占领了东京，并将城市隐藏在巨大的防护壁之后，他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外，名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。
在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
故事发生在日本的江户时代，一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“红樱”，要求试刀，这个夜晚之后，桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松信司 配音）找到万事屋的神乐（钉宫理惠 配音）和新八（坂口大助 配音），委托他们寻找主人的下落。同时，银时（杉田智和）也受到委托，寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上，由于远离警察的管辖范围，飞艇里的恶势力一手遮天。在那里，银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助（子安武人 配音），高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子，一边是暴虐嗜血的妖刀红樱，身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗？
此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》，其中，在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。
第3期放送開始前に、ジャンプスペシャルアニメフェスタ2014で上映された特別編。冒頭の銀時、新八、神楽による挨拶と初のアニメ化となる第三百十二訓「超必殺技はコマンド難すぎて出せない」とショートアニメで構成されている。ショートアニメでは第三百十二訓では未登場の真選組、お登勢、キャサリン、猿飛あやめ、坂本辰馬が登場している。制作スタッフは第3期と同じだが、アニメ制作はバンダイナムコピクチャーズではなく第1期第2期延長戦を担当したサンライズになっている。
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秀逗魔导士OVA2，从1998年10月25日到1999年3月25日发售，全3卷，和特別篇一样全部故事取自原作小说外传。
『迷宮』 - 取自外傳第二卷『小公主』，由第一卷『娜卡的挑戰』以及『迷宮』改編而成。
『恐怖的未來』 - 取自外傳第八卷(恐怖的未來)，改編自『恐怖的未來』。
『莉娜流行大作戰』 - 取自外傳第十五卷(艾菲理爾的事件簿)，改編自『莉娜漂亮大作戰』。
三年前，一颗数码蛋从数码世界掉进了现实世界，滚球兽出生了……这与三年后被选召的孩子们的故事有什么联系呢？本故事情节跌荡起伏，滚球兽进化为亚古兽，为了能打败强大的对手鹦鹉兽，它进化为暴龙兽，而另有六个孩子看到了战斗过程，他们就是……
正值万圣节之际，东京涉谷热闹非凡。涉谷HIKARIE大厦里正在举办一场婚礼，身着婚纱的便是——警视厅的佐藤警官。当柯南等宾客都在见证这场婚礼的时候，突如其来的暴徒向佐藤扑去！高木为了保护佐藤而受伤，好在性命无忧。可这时映入佐藤眼里的，是三年前爆炸事件松田阵平殉职时出现的死神的幻影，这一次出现在了高木的身上。
与此同时，那场连续爆炸事件的犯人越狱了！这是巧合吗？
这个犯人同时也是公安警察降谷零(安室透)宿命的敌人，因为他害死了自己的同学松田。在即将追到犯人之际，突然出现了一个神秘的变装人物，给安室装上了项圈炸弹。为了解除项圈炸弹，柯南赶到了安室潜伏的地下避难所。柯南从安室口中得知了另一桩事件——三年前，安室和警校同学(现已亡)在涉谷遇到了身份不明的变装炸弹犯「普拉米亚」。
然而这时，危险已经开始笼罩搜查中的柯南等人……
每四年一届的体育界最大盛事——世界体育大会（世体会，WSG）即将在日本东京举行，届时时速达到惊人的1000公里的真空超导磁悬浮列车也将与世人见面。在世体会赞助商壮行会上，主办方宣布除了赞助方和嘉宾外，还将通过抽签的方式选出该列车首批荣幸之至的乘客。得到消息后，少年侦探团的各位跃跃欲试，殊不知意想不到的是突然发生。在壮行会上，许多高层领导接连遭到绑架。
危急关头，柯南与赤井秀一先后投入了与幕后真凶争分夺秒的抗争之中……
堪称动画史上的最强对决到来！传奇大盗鲁邦三世（栗田贯一 配音）和他的战友次元大介（小林清志 配音）、石川五卫门（浪川大辅 配音）来到东京，以怪盗基德之名挑战日本警察和柯南（高山南 配音）。在此之后，鲁邦高调寄出预告书，扬言要盗取某银行内的稀世珍宝樱桃蓝宝石，为此国际刑警组织（ICPO）的鲁邦三世专门搜查官钱形幸一警部（山寺宏一 配音）与目暮警官（茶风林 配音）为代表的日本警视厅通力配合，决心给大盗迎头痛击。另一方面，意大利偶像歌手艾米里翁·瓦力迪（入野自由 配音）赴日卡演唱会，但威胁杀害偶像的恐吓信也随之而来。
人声鼎沸的演唱会会场，史无前例的对决拉开序幕……
这集剧场版的故事将舞台从日本搬到了网球圣地：英国的温布尔顿。来自世界各地的青年网球高手们集结于此，作为日本的代表队，青学、冰帝、立海以及四天宝寺等几所学校的队员们也受邀参加大会。然而，大会中却发生了让人意想不到的事情！这些天才网球选手们接连受到了来自不明身份人物的袭击，魔手也渐渐迫向日本选手……不同于以往的正规比赛，主人公龙马等人将在国王之城（King of Kingdom）中各种不同场所与敌方交手，无数的陷阱等待着他们。敌人究竟是谁？面对着意想不到的激战，龙马一行人的命运究竟会如何？前所未有的生死殊斗即将展开。
银魂完结篇即将上演，坂田银时（杉田智和 配音）在影院抓住一个盗录的电影小偷，谁知刺眼的白光之后，他却被带到一个颇有些陌生的世界。不远处的江户，曾经的繁华早已不再，高楼大厦已变成没有人居住的废墟。原来此刻银时正身处五年后的未来，过去的岁月里，名为“白诅”的神秘病毒恣意蔓延，导致世界濒临毁灭边缘。他在荒芜的街道见到了飒爽英姿的志村新八（阪口大助 配音）和武功高强的神乐（钉宫理惠 配音）。似乎未来世界的银时当初为调查白诅而意外死亡，新八与神乐继承了他和万事屋的遗址，与一切恶徒作战。
化名阿珍的银时回到破败的街道和朋友们身边，此时他仿佛背负起改变黑色未来的重大使命……
