印第安纳州，供职于南方废品回收站的前军人雷皮尔斯（Wade Williams 韦德威廉斯 饰）被认为患有海湾战争综合症，经病痛长期折磨后不幸去世。同事兼好友科特（Scott MacDonald 饰）在回家的路上遭遇离奇车祸。斯科莉（Gillian Anderson 吉莲安德森 饰）和道吉特（Robert Patrick 罗伯特帕特里克 饰）前来调查，发现汽车撞上了一个人形物体，而随后发现的尸体头上竟然留有5个深深的手指印。现场留下的血迹和指纹表明，凶手很可能就是已经死亡的雷。
不久后，废品回收站另一位同事哈里（Dan Desmond 饰）被杀身亡，道吉特从现场的蛛丝马迹中发现，这一连串的杀人案件皆和一种记忆金属的研究工作有关……
尤他州北部荒郊野外，发生了神秘的大巴车乘客被害事件。斯科莉（Gillian Anderson 吉莲安德森 饰）单独前来调查，现场发现不明粘液。她尾随白色大巴来到一个没有信号和车辆，与世隔绝的破败小镇。车子抛锚，无奈中被困在此地，斯科莉遍寻不到帮助，隐约中预感有人试图阻止她的离开。
当地人请斯科莉照看一个受伤的男人，这个男人背后有个巨大的伤口，里面似乎还有某种奇怪的生物。
留守总部查阅资料的道吉特（Robert Patrick 罗伯特帕特里克 饰）得知斯科莉消失，他意识到自己搭档也许正陷入危险之中……
复活节之夜，主妇玛莎（Ashley Edner 饰）遭遇莫名生物后消失，案发前后出现的乌鸦和刻有数字“6”的钥匙成为关键线索。Skinner（Mitch Pileggi 饰）派穆德（David Duchovny 大卫杜楚尼 饰）单独前去调查。玛莎的丈夫怀疑妻子有外遇，故借机逃离家庭，穆德则从与乌鸦有关的神秘学入手。
玛莎尸体在家中后院发现，玛莎的朋友艾伦（Michelle Joyner 饰）亦接连遭到怪物的威胁和攻击，穆德从她提供的线索中发现端倪，循巫术调查幕后操纵者。结果发现，恐怖的威胁往往来自身边最易被忽视的地方……
一对夫妇拒绝采用医学手段治疗孩子的淋巴癌，父亲称这是上帝赐予的疾病，只有接受。男孩一夜之间痊愈，斯科莉（Gillian Anderson 吉莲安德森 饰）展开调查，发现男孩脖子上有与自己同样的伤痕。调查结束后遇到老烟鬼（William B. Davis 饰），知晓一切都是他的安排。老烟鬼以治疗斯科莉癌症的药物作为交换，要求斯科莉和他踏上旅途，而穆德（David Duchovny 大卫杜楚尼 饰）对此一无所知。
穆德意识到背后的阴谋，与Skinner（Mitch Pileggi 饰）和孤枪侠合作展开调查。而斯科莉在和老烟鬼的相处过程中，渐渐了解了他的另一面……
获得年度内科医师奖项的Robert Wieder医生（James Morrison 饰），在庆功之夜突然发现床上被人摆出黑色人形图案。其女婿爱文医生（Tom Dahlgren 饰）闻听响动下来察看，见岳父戳颈而死，墙上用血写着“Theef”。
穆德（David Duchovny 大卫杜楚尼 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲安德森）从人形图案入手，初步认定是和诅咒有关的仇杀案，并据此调查。次日爱文亦在床上发现人形图案，很快妻子即因一种古老的皮肤腐烂症死在其面前。针对爱文的离奇杀人案接二连三。不久凶手Orel Peattie（Billy Drago 饰）出现爱文面前，给予暗示，爱文渐渐明白Peattie报复自己的真正原因……
孤枪侠找来穆德（David Duchovny 大卫杜楚尼 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲安德森 饰）调查一起离奇案件：名为“第一枪杀者”的公司开发了一款真人虚拟游戏，但有人在游戏过程中被杀害。游戏主角梅特瑞雅（Krista Allen 克里丝塔艾伦 饰）是凶手，穆德更目睹其行凶过程。
警方在洛杉矶找到一名与游戏女主角十分相像的女人，询问过后案情更加扑朔迷离。穆德为救孤枪侠被困游戏中，独自面对更加强大的梅特瑞雅，力渐不支。斯科莉探明原委，亦全副武装进入游戏。他们二人最终能否从虚拟世界逃脱？
发生了多宗儿童绑架案。Mulder认为案件和Samantha的失踪有关。追随线索，他们发现凶手是个嗜杀儿童的杀人狂。Mulder的母亲自杀了。
被杀的儿童里没有Samantha。但有个人通过这个案件联系上Mulder，声称能帮Mulder找到他妹妹。最后Mulder终于知道Samantha很早就死了，她的灵魂和许多其他奇异失踪的孩子的灵魂在一起，安全而快乐。Mulder自由了。
传教士Mackey的和善外表下是恶魔的心，只有同一教区的另一位另类神父看穿了他。Mackey使用种种卑劣手段打击栽赃这位神父。连Mulder和Scully都被他们的外表欺骗了。
