Sixteen new houseguests move into the Big Brother Canada manor; the first competition begins.
孤枪侠找来穆德（David Duchovny 大卫杜楚尼 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲安德森 饰）调查一起离奇案件：名为“第一枪杀者”的公司开发了一款真人虚拟游戏，但有人在游戏过程中被杀害。游戏主角梅特瑞雅（Krista Allen 克里丝塔艾伦 饰）是凶手，穆德更目睹其行凶过程。
警方在洛杉矶找到一名与游戏女主角十分相像的女人，询问过后案情更加扑朔迷离。穆德为救孤枪侠被困游戏中，独自面对更加强大的梅特瑞雅，力渐不支。斯科莉探明原委，亦全副武装进入游戏。他们二人最终能否从虚拟世界逃脱？
发生了多宗儿童绑架案。Mulder认为案件和Samantha的失踪有关。追随线索，他们发现凶手是个嗜杀儿童的杀人狂。Mulder的母亲自杀了。
被杀的儿童里没有Samantha。但有个人通过这个案件联系上Mulder，声称能帮Mulder找到他妹妹。最后Mulder终于知道Samantha很早就死了，她的灵魂和许多其他奇异失踪的孩子的灵魂在一起，安全而快乐。Mulder自由了。
暗恋Scully的小说家为了接近Scully，在小说中创作了完美的犯罪，小说中的杀手来到现实中执行了这些罪行。在了解到Scully心有所属后，小说家不知如何结尾了，而小说中的杀手告诉他应该杀死Scully。
Spender 的母亲没有死。她意外成了第一例成功的人类/alien混种，也就是辛迪加与殖民alien协议研究的在殖民后为其充当奴隶的人种。同时，叛军外星人的力量暂时占了上风，他们渗入了辛迪加组织，意图夺走spender的母亲。CSM要继续保护和殖民方合作同时暗地研制疫苗的计划，在对自己亲手扶植的儿子 Spender失望之余，他找来Fowley帮忙。
辛迪加抓到了 Spender的母亲和MS。Mulder了解到如果殖民方alien知道混种研究已经成功，殖民就会开始，而辛迪加故意拖延研究混种并一直隐瞒真相是为了赢得研制疫苗的时间。意识到叛军的力量已是无法阻止的，CSM等辛迪加决定把Spender的母亲交给殖民方，让殖民开始，以保存自己。但叛军先行一步，最终夺走的Spender的母亲，烧死了除CSM外的所有辛迪加成员。CSM杀死了自己的儿子Spender。
