新的学年开始了，洛克和他的伙伴们努力学习，向最高难度的徽章发起挑战。然而，当洛克王国洛克和朋友们初次踏入幽暗空间时，却得知学院遭遇了空前的危机，播出由于时光扭曲，他们回到一个月之后的学院，此时学院已经完全沦陷，所有学生和老师都被恩佐控制。洛克和伙伴们想尽办法回到了原有的时空，找出的圣光羽石，粉碎了恩佐的阴谋，学院的危机被悄悄解除。
在一张古老而又神秘的地图上，记载了传说中未曾有人见到过的特异精灵，这张地图的现身，在宇宙中掀起了一场腥风血雨。平凡的机械师小墨（杨欧 配音），在误打误撞之中被卷入了宇宙海盗美利图（杨梦露 配音）一手策划的阴谋之中，遭到了对手的俘虏，赛尔号陷入了前所未有的危急情境之中。
懦弱胆小的播音员乔森（杨海音 配音）、自吹自擂的厨师老汪（刘钦 配音），小墨必须和这些看似非常不靠谱的同伴们结成同盟，对抗强大而邪恶的银河美利图军团，他们的存在，成为了赛尔号的最后一层防卫。最终，平凡的小人物们是否能够凭借着他们的智慧和勇气，打败邪恶，传播正义呢？
